Năm học 2012-2013 trường THPT Chuyên Khoa học Tự nhiên có 498 học sinh tốt nghiệp, và có 453 học sinh dự thi 4 khối A, A1, B và D trong kỳ thi tuyển sinh Đại học 2013. Theo bảng xếp hạng của Bộ Giáo dục và Đào tạo về kết quả thi Đại học năm 2013, trường THPT Chuyên KHTN với 785 lượt thi và đạt điểm bình quân 22,20 xếp vị trí thứ 7 trong danh sách 200 trường THPT có kết quả cao nhất trong cả nước. Trường ta có 5 học sinh đỗ thủ khoa các trường Đại học, đó là :
- Phan Ngọc Minh lớp 12A2 Hóa thủ khoa khối A Học viện Ngân Hàng (29 điểm),
- Trần Minh Tâm lớp 12A2 Toán thủ khoa khối A trường Đại học Khoa học Tự nhiên (28 điểm),
- Lê Phương Anh lớp 12A1 Toán thủ khoa kép khối A1 (25,5 điểm) và khối D1 (27 điểm) Học viện Ngoại giao,
- Nguyễn Thị Kiều Anh lớp 12A1 Toán đồng thủ khoa khối D1 Học viện Ngoại giao (27 điểm)
- Nguyễn Thị Ngọc Anh lớp 12A1 Toán đồng thủ khoa khối D1 trường Đại học Luật Hà Nội (26,5 điểm).
Ngoài ra Nguyễn Tiến Thắng và Nguyễn Minh Dũng lớp 12A2 Toán là đồng Á khoa khối A trường Đại học Kinh tế Quốc dân (29 điểm). Toàn trường có 17 học sinh đạt điểm thi từ 28 đến 29. Đặc biệt trong đó phải kể đến Phan Ngọc Minh lớp 12A2 Hóa có điểm thi khối A là 29, khối B là 28,5 và Đỗ Văn Tâm lớp 12A2 Toán có điểm thi cả khối A, khối B đều là 28,5. Nếu tính từ 27 điểm trở lên, cả trường có 51 học sinh; trong đó khối A là 35 học sinh, khối B là 19 học sinh và khối D1 là 2 học sinh (có 5 học sinh đạt điểm cả 2 khối A và B đều từ 27 điểm trở lên). Sau đây là top 20 trường THPT có điểm thi Đại học cao nhất cả nước.
STT
|
Tỉnh / thành phố
|
Mã đơn vị
|
Tên trường phổ thông
|
Lượt dự thi
|
ĐTB (Ex)
|
1
|
TP Hồ Chí Minh
|
2018
|
THPT NK ĐH KHTN
|
519
|
23,31
|
2
|
Tỉnh Bình Phước
|
43004
|
THPT Chuyên Quang Trung
|
198
|
23,19
|
3
|
Tỉnh Hà Tĩnh
|
30040
|
THPT Chuyên Hà Tĩnh
|
319
|
22,55
|
4
|
TP Hà Nội
|
1A037
|
THPT Chuyên ĐH SP HN
|
552
|
22,41
|
5
|
Tỉnh Nam Định
|
25002
|
THPT Lê Hồng Phong
|
769
|
22,31
|
6
|
Tỉnh Vĩnh Phúc
|
16012
|
THPT Chuyên Vĩnh Phúc
|
430
|
22,22
|
7
|
TP Hà Nội
|
1A045
|
THPT Chuyên KHTN ĐH QG HN
|
785
|
22,20
|
8
|
TP Đà Nẵng
|
4005
|
THPT Chuyên Lê Quý Đôn
|
331
|
22,06
|
9
|
TP Hà Nội
|
1A144
|
Chuyên ngữ ĐH NN Q. gia
|
581
|
22,00
|
10
|
Tỉnh Bình Định
|
37003
|
THPT chuyên Lê Quý Đôn
|
401
|
21,90
|
11
|
TP Hà Nội
|
1A003
|
THPT Hà Nội-Amstecdam
|
672
|
21,89
|
12
|
Tỉnh Hải Dương
|
21013
|
THPT Nguyễn Trãi
|
453
|
21,70
|
13
|
Tỉnh Thái Bình
|
26002
|
THPT Chuyên
|
819
|
21,60
|
14
|
Tỉnh Đồng Nai
|
48001
|
THPT Chuyên Lương Thế Vinh
|
395
|
21,54
|
15
|
TP Hồ Chí Minh
|
2015
|
THPT Lê Hồng Phong
|
992
|
21,50
|
16
|
Tỉnh Thanh Hóa
|
28118
|
THPT Chuyên Lam Sơn
|
453
|
21,41
|
17
|
Tỉnh Khánh Hòa
|
41017
|
THPT chuyên Lê Quí Đôn
|
307
|
21,37
|
18
|
Tỉnh Nghệ An
|
29006
|
THPT Chuyên Phan Bội Châu
|
536
|
21,27
|
19
|
Tỉnh Thừa Thiên-Huế
|
33001
|
THPT Chuyên Quốc Học
|
729
|
21,24
|
20
|
TP Hà Nội
|
1B162
|
THPT Chuyên Nguyễn Huệ
|
820
|
21,22
|
TS. Lê Công Lợi (Phó Hiệu trưởng) |